Antivirusbeskyttelse må holdes oppdatert. Det er vanskelig å gi et generelt råd om hvor ofte man aktivt skal oppdatere systemet. Men mange mener en gang i uken er tilfredsstillende, mens andre mener at det bør oppdateres fortløpende. Antivirusbeskyttelse beskytter kun mot gammel skadelig kode, det vil si kode som har vært kjent i mer enn noen timer. Det er en fordel at den oppdaterte antivirusbeskyttelsen brukes av alle klienter, slik at alle deler av nettverket har samme beskyttelsesnivå.
I større organisasjoner kan det være en fordel å bruke antivirusbeskyttelse fra flere leverandører. Antivirusprogram bør også installeres flere steder i IT-miljøet. Programmene kan være aktive eller passive. De aktive programmene startes automatisk, for eksempel når brukeren logger seg på datamaskinen, mens de passive kan aktiviseres ved spesielle tidspunkter for å gjennomføre skjemalagde kjøringer.
Det er viktig å følge med ved systemvedlikehold eller for eksempel når det skjer planlagte eller ikke-planlagte oppstarter. Risikoen er at antivirusbeskyttelsen da går tilbake til et gammelt beskyttelsesnivå, og at de seneste oppdateringene forsvinner.
I tillegg til antivirusbeskyttelse bør en også holde andre programmer oppdatert. Nye virus og trojanere benytter ofte sikkerhetshull som nylig er gjort kjent og som det er laget sikkerhetsoppdatering til. Det er derfor ofte like viktig å oppdatere programvare som er utsatt for slike angrep, som å oppdatere antivirusprogramvaren. Automatisk oppdatering funger alltid best, for da blir det ikke oppdateringen glemt.
En bør en også ha anti-spam filtrering på innkommende e-post. Anti-spamfiltrene kan hindre spredning av virus, etter som mer og mer virus spres via spam. Anti-spamfiltrene kommer i mange forskjellige varianter, men alle bruker ulike parametere slik som avsenderadresse, ord i emnefelt etc.
Antivirusbeskyttelsen er som sagt ikke en beskyttelse som dekker alt. Den bør kompletteres med for eksempel en oppdatert brannmurbeskyttelse, regelmessig innføring av sikkerhetsoppdateringer av alle programmer som brukes og ved at det finnes tydelige rutiner som beskriver hvordan brukerne skal bruke systemer og håndtere programvare. Dessuten skal informasjonen beskyttes ved hjelp av gjennomtenkte rutiner for sikkerhetskopiering.